大战之后闪焰队解散，成员们只得自己另寻出路，大部分成员金盆洗手，和宝可梦过上了普通日子。闪焰队的干部们被捕入狱，迎接他们的是几十年的牢狱生涯。
帕琦拉是卡洛斯家喻户晓的人物：她是受观众喜爱的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入狱的消息震惊了整个卡洛斯，喜爱她的观众和训练家无不为她惋惜。
帕琦拉在接受媒体采访时时并无悔过之意，她有她想守护的人和想坚守的理想。她承认她的想法与主流观点相悖，然而观点并无对错之分，她认为自己履行了对弗拉达利的承诺，尽到了闪焰队干部的职责。
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【骷髅队】
古兹马解散了骷髅队。大姐头布尔美丽开始带领部分队员寻找新的生活方向，她自己也开始为未来奋斗，最终挑战了宝可梦联盟。
解散后的骷髅队成员开办了呆呆兽尾巴烧烤连锁店。他们的尾巴来路正规，烧烤酱汁浓郁，让人唇齿留香。在小溪的购物中心里，也能找到他们的尾巴连锁店。
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【露莎米奈】
露莎米奈把虚吾伊德放归究极空间，她的神经毒素彻底痊愈了，控制欲减弱，莉莉艾被允许穿她自己喜欢的衣服。她对被做成宝可梦感到愧疚，半是为了赎罪，半是为了将来能和莫恩合作，她把工作当成了人生的首要任务。
以太基金会每年都会救助上万只宝可梦，其中大部分宝可梦在身体恢复后回到自然，小部分被训练家收养。布鲁皇妹妹一家不愿意被领养，一直留在以太基金会，小溪经常带布鲁皇回家探亲。
以太基金会还和究极大都会合作，共同研究究极异兽。芭内特、扎奥博和碧珂将以太基金会组织得仅仅有条，研究员总能在核心期刊发表论文。
莫恩一直没有找回记忆，露莎米奈也不愿意惊醒他。她反省曾经的自己，年轻时的她控制欲太强，莫恩和她在一起时并不总是快乐的，莫恩现在生活得更幸福。她有意避开莫恩，不去打扰他的生活。可是五年后的一个下午，莫恩在与她商讨合作时突然向她表白。
“听说您的丈夫不在了，那您愿意考虑我吗？”他问，“我总觉得，要是我有妻子，那她一定是您这样的。”
露莎米奈答应了他。她在亲友们的祝福下，又一次与莫恩步入婚姻的殿堂。这一次两人再也没有分开。
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【莉莉艾和格拉吉欧】
与究极异兽的决战让莉莉艾变得勇敢，她开始了诸岛巡礼。其间她收服了皮皮、花疗环环和阿罗拉九尾，成为了妖精属性训练家。她克服了胆怯，报名参加了拉纳基拉山的联盟大会。虽然并没有取得名次，但是战斗却让她加深了和宝可梦的牵绊。
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